- El vivero donde se siembran y se cuidan en los primeros estadios de su vida varios tipos de árboles amazónicos. Los árboles crecidos en el vivero cuando estén listos para ser trasplantados se van entregando a varias organizaciones (FAO por ejemplo) para programas de reforestación.
- La huerta orgánica donde se cultivan varios tipos de hortalizas de manera orgánica o sea sin químicos y utilizando abonos naturales y compost hecho con los desperdicios de la cocina. Las hortalizas son para el consumo interno de la casa y lo que sobra se vende para sostener el proyecto.
- La chakra donde se encuentra un sistema agroforestal tradicional kichwa, con árboles maderales y frutales juntos con plantas medicinales y cultivos de ciclo corto (maíz, arroz, yuca). Las semillas por ejemplo de maíz y arroz cosechadas se entregan a los campesinos de la zona para favorir el uso de semillas libres y de variedades agrícolas tradicionales.
La parte agroforestal de la Casa Bonuchelli se compone de tres partes distintas: